科學(xué)家揭示人類基因調(diào)控元件的序列決定因素

DNA可以決定基因表達(dá)的位置和時間，但控制基因表達(dá)的全套序列決定因素仍不清楚。近日，芬蘭赫爾辛基大學(xué)的研究團(tuán)隊在《Nature Genetics》發(fā)表了題為“Sequence determinants of human gene regulatory elements”的文章。

研究人員使用大規(guī)模平行報告試驗測量了比人類基因組大100倍空間的DNA序列轉(zhuǎn)錄活性。機(jī)器學(xué)習(xí)模型顯示，轉(zhuǎn)錄因子（TF）通常以加法方式作用，語法較弱，大多數(shù)增強(qiáng)子通過一種不涉及特定TF-TF相互作用的機(jī)制來增加啟動子的表達(dá)。增強(qiáng)子本身可分為三種類型：經(jīng)典型、封閉染色質(zhì)型和染色質(zhì)依賴型。結(jié)果表明，很少有TF在一個細(xì)胞中具有強(qiáng)烈的活性，大多數(shù)活性在不同的細(xì)胞類型之間是相似的。單個TF可具有多種基因調(diào)控活性，包括染色質(zhì)開放和增強(qiáng)，促進(jìn)和決定轉(zhuǎn)錄起始點活性。

以上結(jié)果與“TF結(jié)合基序是基因表達(dá)的關(guān)鍵原子單元”的觀點一致。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-021-01009-4

注：此研究成果摘自《Nature Genetics》雜志，文章內(nèi)容不代表本網(wǎng)站觀點和立場，僅供參考。

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